BaseX:BaseX是一个原生XML数据库。它具有简洁的存储结构，高效的XPath和XQuery实现和一个用于操作存储数据的可视化前台操作界面。

Axion:Axion是一个小型,快速,开源的关系型数据库系统(RDBMS)支持标准SQL与JDBC。它主要应用在Java程序中。

SMYLE:SMYLE 一个基于 LGPL 的高可靠性、高性能 Java 数据库，能够处理 100,000 行的表，支持多维索引、事务处理、崩溃及时恢复等特性。SMYLE 可以嵌入到应用中，不需要单独安装发布。

NeoDatis ODB:NeoDatis ODB是一个面向对象数据库，一个真正透明的对象持久层。利用一行简单的代码就能够持久化native object。ODB非常简单、非常快并自带强大查询语言。ODB既可以做为一个内嵌数据库引擎使用，也可以以C/S模式运行。

InfoGrid: InfoGrid is a Web Graph Database with a many additional software components that make the development of REST-ful web applications on a graph foundation easy.InfoGrid is open source, and is being developed in Java as a set of projects:

JODB:JODB是一个面向对象开源数据库。该数据库使用缓存机制来避免占用太多内存。在查询时也尽可能减少实例化对象以避免进行过多地垃圾收集。

Ozone:ozone是一个面向对象的数据库管理系统完全用Java实现.ozone项目的目的是让开发者可以构建一个纯面向对象,纯Java的数据库应用程序.ozone还可以用来存储XML,可以用任XML工具来访问这些数据.

MyOODB:MyOODB是一个面向对象数据库,真正快速的分布式数据库,支持真正的分布式对象,支持真正的分布式事务,支持隐式/显式事务, 支持无缝高速Web服务访问,支持数据库自我恢复,支持多个并发嵌套事务并且数据库大小只占磁盘很小的空间。集合MyOOWEB和MyOOSDK能为开发快速，很小但又强大的App/Web应用程序提供一个平台。

hamsterdb-java:hamsterdb-java是hamsterdb嵌入式数据库的一个Java封装。hamsterdb是一个采用C开发，非常快，轻量级的嵌入式数据库引擎。

dbXML:dbXML是一个Native XML数据库.它能够索引和存储XML文档集合.这个服务器还以脚本,类和触发器的形式来提供商业逻辑.